最根本的差別是分配依據。權利變換依各權利人更新前的權利價值比率分配更新後的土地、建築物或權利金；協議合建依地主與實施者約定的比例分配。前者的比例是估出來、經審議評定的；後者的比例是談出來、寫進契約的。
法律上哪一個是預設
都市更新事業計畫範圍內重建區段的土地，原則上以權利變換方式實施。由主管機關或其他機關辦理者，得以徵收、區段徵收或市地重劃實施；其他法律另有規定，或經全體土地及合法建築物所有權人同意者，才得以協議合建或其他方式實施。
換句話說，協議合建不是與權利變換並列的兩個選項，而是在全體同意的前提下才開得了的那條路。
五分之四門檻是「混合實施」，不是降低同意門檻
若無法取得全體同意，法律留了一個折衷：更新單元範圍內私有土地總面積及私有合法建築物總樓地板面積均超過五分之四同意時，已達成合建協議的部分可以協議合建實施，不願參與協議合建的部分，以權利變換實施。
同一個案件因此可能同時存在兩種實施方式。另外，對於走權利變換的那一部分，實施者應保障其權利變換後的權利價值不得低於相關法規的規定。
三個面向的對照
| 權利變換 | 協議合建 | |
|---|---|---|
| 分配依據 | 各權利人更新前權利價值比率，加上提供資金的額度 | 地主與實施者約定的分配比例或條件 |
| 同意門檻 | 依都市更新條例所定程序辦理 | 原則須全體土地及合法建築物所有權人同意；未達全體時，以超過五分之四同意搭配權利變換混合實施 |
| 估價師角色 | 法定程序的一部分，由實施者委任三家以上專業估價者查估後評定，並經審議 | 非法定必要程序，常作為雙方協議分配比例的參考依據 |
稅捐處理不一樣
都市更新條例對兩種方式各有規定，差異是實質的：
- 權利變換：以土地及建築物抵付權利變換負擔者，免徵土地增值稅及契稅。依權利變換取得的土地及建築物，於更新後第一次移轉時，減徵土地增值稅及契稅百分之四十。
- 協議合建：原所有權人與實施者間因協議合建辦理產權移轉時，須經直轄市、縣（市）主管機關視地區發展趨勢及財政狀況同意，才得減徵土地增值稅及契稅百分之四十。
協議合建那一款訂有實施年限，並有由行政院延長一次的機制。實際能不能適用、適用到什麼時候，應以案件當時主管機關的現行規定為準，不能沿用舊資料。
三個常被混在一起的觀念
「有五分之四同意，所以全案是協議合建。」 不是。五分之四是混合實施的門檻，不同意的部分仍走權利變換。
「合建分配比例可以直接換算成權利價值比率。」 不行。合建比例是契約約定的結果，權利價值比率是估價評定的結果，兩者的形成方式與涵蓋內容都不同。用一個去驗算另一個會得到錯誤的結論。
「權利變換比較平均。」 方向上剛好相反。權利變換依各戶更新前的權利價值形成比例，區位、樓層、面積條件較好的戶別可能分回較多；協議合建依約定條件分配，結果不一定反映各戶更新前價值的差異。哪一種對特定地主較有利，要看個案的權利結構。
洽詢時可以先準備的東西
- 更新單元範圍、地號清單與所有權人戶數
- 目前的整合同意情形（土地面積比、樓地板面積比）
- 是否已有合建契約草案或分配條件
- 案件所在直轄市、縣（市）
實施方式的選擇涉及稅務與契約，除估價意見外，建議一併諮詢稅務與法律專業。